本作は、「ゴジラ」「ガメラ」「大魔神」シリーズをはじめ、数多くの怪獣造形を手掛けてきた村瀬継蔵が1970年代に香港のショウ・ブラザーズ社のプロデューサーに依頼され、書き留めたプロットを基に作られたオリジナルファンタジー作品。オリジナルコンセプトデザインを、東映特撮ヒーロー作品のキャラクターデザインだけでなく、深作欣二作品の美術デザインでも知られる高橋章。 怪獣ヤマタノオロチのデザインを、「ゴジラ」シリーズのデザイナー西川伸司が担当している。

時宮朱莉は、亡くなった祖父である特殊美術造形家・時宮健三のお別れの会で、特撮ファンである同級生の卓也と会い、2人は時宮の古い知り合いだという穂積と名乗る男から、祖父が映画を作ろうとしていたことを聞かされる。穂積がおもむろに鞄から「神の筆」の小道具である筆を取り出すと、「世界の破滅を防いでください」穂積の言葉とともに朱莉と卓也は光に包まれる。 気づくと2人は映画「神の筆」の世界に入り込んでいた。 そして、映画に登場しないはずの怪獣ヤマタノオロチが この世界のすべてを破壊し尽くそうとする光景を目の当たりにする。 元の世界に戻るため、 2人は時宮が作るはずだった 映画「神の筆」の秘密に迫っていくことになる。 

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